Prison Break verkent verschillende thema's zoals loyaliteit, verraad en de gevolgen van keuzes. De serie laat zien hoe ver mensen bereid zijn te gaan voor familie en vrienden, en de morele dilemma's die zij tegenkomen terwijl ze hun plannen uitvoeren. Daarnaast worden thema's als corruptie en het falen van het rechtssysteem ook prominent belicht.
Michael Scofield begint als een slimme ingenieur met een goed hart. Zijn ontwikkeling gedurende de serie is indrukwekkend; hij transformeert van een man die alleen maar zijn broer wil redden tot iemand die complexere morele keuzes maakt. Hij wordt uiteindelijk geconfronteerd met de realiteit van zijn daden en de gevolgen hiervan voor hem en de mensen om hem heen.
De gevangenis is niet alleen een fysieke locatie, maar ook een karakter op zich in de serie. Het vertegenwoordigt de strijd tussen goed en kwaad, en de beperking van vrijheid. De gevangenis fungeert als de achtergrond voor veel van de conflicten en relaties die plaatsvinden, en de setting versterkt de spanningen en emoties in het verhaal.
Een van de meest memorabele ontsnappingen is de eerste ontsnapping uit Fox River. De ingenieuze plannen van Michael en zijn medegedetineerden zijn zowel spannend als creatief. Elke ontsnapping brengt unieke uitdagingen met zich mee, van het in de gaten gehouden worden door bewakers tot het navigeren door de complexe relaties tussen de personages.
De muziek in Prison Break is zorgvuldig gekozen en draagt bij aan de spanningsopbouw en emotionele impact van de scènes. De soundtrack omvat een breed scala aan nummers die de intense momenten en de vaak sombere stemming van de serie accentueren, waardoor kijkers dieper in het verhaal worden getrokken.