De belangrijkste thema's in Extremely Loud and Incredibly Close zijn verlies, liefde, en de zoektocht naar antwoorden. Het verhaal laat zien hoe mensen omgaan met rouw en de impact die een tragedie heeft op hun leven. De verhalen van verschillende personages worden verweven, waardoor het thema van verbinding en menselijke relaties naar voren komt.
Oskar begint als een kwetsbaar en angstig kind die met veel vragen zit over de dood van zijn vader. Gedurende het verhaal ontwikkelt hij zich tot een vastberaden jongeman die actief op zoek gaat naar antwoorden. Deze zoektocht dwingt hem om zijn angsten onder ogen te zien en relaties met anderen aan te gaan, wat hem helpt groeien en sterker te worden.
New York speelt een cruciale rol in het boek, niet alleen als achtergrond, maar ook als een levendig personage op zichzelf. De stad symboliseert zowel de chaos en emotionele pijn na de aanslagen van 11 september als de hoop en mogelijkheden voor herstel. Oskar's avonturen door de stad reflecteren zijn innerlijke reis en de zoektochten van anderen naar betekenis te midden van destructie.
De vertrouwensband tussen Oskar en zijn grootouders is een belangrijke ondersteuningsbron in het verhaal. Het laat zien hoe familie een toevluchtsoord kan zijn in tijden van rouw en onzekerheid. Hun interacties bieden Oskar een nieuw perspectief op het leven en helpen hem bij zijn emotionele verwerking, waardoor de lezer ook inzicht krijgt in de impact van verlies op meerdere generaties.
Het verwerkingsproces van verlies in het boek wordt op verschillende manieren afgebeeld, waaronder door Oskar's avonturen en gesprekken met anderen. De verschillende verhalen en perspectieven van de personages bieden een breed scala aan reacties op verdriet, van ontkenning tot acceptatie. Het benadrukt dat rouw een individueel proces is dat voor iedereen anders aanvoelt, en het belang van het delen van ervaringen met anderen.