De boeken van Marten Toonder behandelen diverse thema's zoals vriendschap, rechtvaardigheid en de strijd tussen goed en kwaad. Daarnaast zijn er veel verwijzingen naar de maatschappij en menselijke tekortkomingen. Zijn verhalen zijn vaak een combinatie van avontuur en satire, waardoor ze ook een dieperliggende boodschap bevatten die bespreekbaar kan worden gemaakt.
De meest bekende personages zijn natuurlijk heer Bommel en zijn trouwe vriend Tom Poes. Heer Bommel is een goedhartige, maar soms wat onhandige aristocraat, terwijl Tom Poes slim en vindingrijk is. Andere opvallende personages zijn bijvoorbeeld de schurk Bummie, de geniale maar eigenzinnige professor en de veelvuldige bezoekers van het kasteel van heer Bommel.
Martens Toonders stijl is uniek door de combinatie van humor, emotie en filosofische overpeinzingen. Zijn teksten zijn vaak rijk aan symboliek en bevatten veel woordspelingen. Toonder's illustraties, die perfect aansluiten bij zijn verhalen, dragen bij aan de herkenbaarheid en charme van zijn werk, waardoor je telkens opnieuw opnieuw kunt genieten van zijn verhalen.
De ontwikkeling van het verhaal van heer Bommel heeft zich door de jaren heen natuurlijk geëvolueerd. In de beginjaren waren de plots vaak eenvoudiger en meer gericht op avontuur. Naarmate de verhalen vorderden, gingen ze steeds meer de diepte in, met complexe morele kwesties en psychologische inzichten. Het personage is daardoor gegroeid en weerspiegelt de veranderingen in de maatschappij.
Marten Toonder heeft een grote impact gehad op de Nederlandse stripcultuur. Zijn werk heeft niet alleen generatie na generatie beïnvloed, maar heeft ook de weg vrijgemaakt voor andere kunstenaars en schrijvers in de stripwereld. De thema's en personages die hij introduceerde zijn iconisch en blijven tot op de dag van vandaag inspiratie bieden voor nieuwere werken in de stripliteratuur.